Vers l’an 300 de notre ère, Bouin était une île habitée par plusieurs familles originaires de Basse Bretagne. Le 7 juin 567, un raz de marée recouvrit entièrement l’ île et fit périr tous ses habitants. En 577, quelques dizaines de foyers vinrent s’implanter à nouveau en divers secteurs de l’Ile. Pour se protéger de l’océan, les colons durent monter des levées de terre, les premières protections, remplacées peu à peu par les digues actuelles. L’Ile de Bouin, bordée à l’est par le bras de mer du Dain et à l’ouest par l’Océan, fut rattachée au continent vers 1834 avec la construction du premier pont, en direction de Bourgneuf.

Depuis ces dates connues, « l’Isle de Bouin » a été submergée à maintes reprises. Protégée par une digue de 14 km sur laquelle ont été aménagés le port des Brochets, le port des Champs et le port du Bec dit port Chinois, la Commune possède un riche patrimoine tissé au fil des siècles. Son destin a été marqué par des événements sous la révolution, mais aussi par des personnages comme Sébastien Luneau ou Achille Le Cler et longtemps, par sa prospérité grâce au sel. Autour de l’église, monument emblématique, Bouin garde dans ses rues étroites et ses venelles, des logis et des demeures qui sont le reflet de son passé prestigieux.